ワックスをつけて時間が経つと頭が痒くなります
私もそうなのですが、朝ワックスでスタイリングした時はなにもないのですが、夕方くらいになると痒みが出てくる時があります。
ワックスは温めるとやわらかくなり、冷えると固くなります。(ワックスによります)硬めのワックスを使う時は、少しドライヤーでワックスを温めるとスタイリングをしやすくなります。

ワックスを髪つけたとしても体温によって温められ頭皮に垂れてしまします。その頭皮についたワックスで痒みが生じてしまうのではないかと思います。
もしワックスで痒みが出るのであれば、ジェルやムースなどカチカチに固まるタイプのスタイリングを使用すると体温の影響で頭皮に垂れることがないので、痒みも出なくなると思います。
しかし、これらのスタイリングではスタイルが限られてしまいます。もしワックスを使うのであれば、ドライヤーで形をしっかりつけて最小限の量のワックスでスタイリングすれば垂れる量も少なくなるので、痒くなることも少なくなると思います。
髪が伸びると重くなり、ワックスの量が増えてしまいます。量が増えると垂れる可能性も高くなりますので、まめにカットすることもオススメします。